Zahrada je součástí Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy a na jejím území se nachází Katedra botaniky, Ústav životního prostředí a sídlí zde i studijní oddělení Přírodovědecké fakulty UK. Rozloha zahrady je 3,5 ha, ročně ji navštíví asi 100 000 návštěvníků. Slouží k vědeckému výzkumu a k výuce studentů Univerzity Karlovy i dalších škol a přispívá k celoživotnímu vzdělávání veřejnosti. Zahrada je zapojena do řady programů záchrany ohrožených druhů rostlin. Slouží také jako příjemná zelená oáza v–centru Prahy.

Ve sklenících je stálá expozice tropů a subtropů, včetně národní sbírky kaktusů a jihoafrických sukulentů. Sbírka rostlin z vlhčích oblastí subtropů je ze skleníku na léto přemisťována pod širé nebe do prostoru naproti skleníku. Vedle významných sbírek sukulentů stojí za zmínku vzrostlé letité exempláře cykasů, kamélie, myrty a další rostliny pocházející ze sbírek někdejší smíchovské univerzitní zahrady z 19. století.

Z venkovních expozic je významný unikátní exemplář jinanu dvoulaločného, Ginkgo biloba ‘Praga’, ve skutečnosti jakási někdejší obří bonsaj, jejíž stáří se odhaduje na přibližně 130 let, dále jedna z prvních do Evropy introdukovaných metasekvojí a další dřeviny. Nejcennější expozicí je kolekce Středoevropské květeny, založená v roce 1904 a kontinuálně udržovaná po celých předchozích sto let.